光孝寺是广州最有名和最大的佛教古寺。广州人有“未有羊城，先有光孝”之说，可见其历史的久远。
这地方原是南越王赵建德的故宅。三国吴大帝时，虞翻被贬至岭南，谪居此地。他设帐授徒，手植诃子树及苹婆树（凤眼果），故被称为“虞苑”，又称“诃林”。虞翻死后，家人献宅为寺。自东晋开始，不断有印度僧人到此说法和翻译佛经（其中有禅宗始祖达摩），使它成了岭南的佛教传播地。
光孝寺的出名，不仅因为它历史悠久，而且因为佛教禅宗六祖惠能曾居于此，进行过著名的“风幡论辩”，并在此削发，成为禅宗南派的领袖。现有的六祖殿、瘗发塔、睡佛阁以至菩提树，都和六祖惠能有关。游光孝寺，很自然会想起惠能的故事来。
惠能（一作慧能，按其父给他取名的含义是“惠众生，能佛事”，当作惠能），唐贞观十二年（638）生，传说他生下来时适有僧人来访。俗家姓卢，先祖河北范阳人（今宜兴县南固城镇），父名行瑫，曾在范阳做官，后因罪贬新州（今广东新兴县），落籍岭南。惠能三岁丧父，家贫，少年时采樵养母。“一日负薪至市中，闻客通《金刚经》……有所感悟”，于是安顿好母亲，北上求佛法。抵韶州（今广东韶关），结识佛友刘志略与尼姑无尽藏。无尽藏常读《涅槃经》，惠能听了，给她解说经义，尼姑遂执手问字。惠能说：“字即不识，义请即问。”尼姑奇怪，问：“你不识字，怎能懂义？”惠能说：“诸佛妙理，非关文字。”尼姑惊异，到处告诉乡亲说：惠能是个有道行的人。后至乐昌西山，遇智远禅师，智远指点他到黄梅弘忍大师处学佛。
弘忍见了惠能，问他：你是何等人，欲求何物？惠能答：弟子是岭南新州百姓，远来礼师，唯求作佛，不求余物。弘忍说，你是岭南人，又是羯獠（古称西南人为羯獠，是一种鄙称）。惠能说，人有南北，佛性无南北，羯獠身与和尚不同，但佛性并无差别。弘忍听后，很佩服他的辩才，知他是个不寻常的人，却不动声息，着他留下，派他去碓坊当杂役，工余才能听佛。过了8个月，弘忍令众僧作佛偈（说佛理的偈文），以便选拔法嗣。上座神秀，学通内外，众僧所仰，被公推作偈。神秀乃于廊壁上写一偈云：“身是菩提树，心如明镜台；时时勤拂拭，莫使惹尘埃。”五祖见了，赞叹说：“后代依此修行，亦得正果。”说是“亦得”，即是“还可以”之意，并非十分满意。事情传到碓坊，惠能正在舂米，问及同伴。同伴把神秀的偈念了一遍。惠能听罢，思索了一下，说“美则美矣，了则未了。”同伴骂他：“你是什么样人？莫发狂言！”惠能说：“你不信，看我的偈罢！”惠能不识写字，但他自有办法。至夜晚，他请一童子引至廊下，他秉烛，请别驾张日用在神秀偈旁写下一偈曰：
菩提本无树，明镜亦非台。
本来无一物，何处惹尘埃？
五祖见了，心中大异，料是惠能所作：当着众人，评价却甚平淡，又说：“这是谁写的，亦未见性。”众僧听了，不以为意，也不理会。当夜，弘忍悄悄在碓坊，问惠能：“米白也未？”惠能答：“白也，未有筛。”弘忍没有再说什么，用杖敲碓三下而去。惠能会意，三更时分进入五祖弘忍的禅房。五祖即传以衣钵，并念一偈曰：“有情来下种，因地果还生，无情即无种，无性亦无生。”又嘱咐他：受衣之大，命如悬丝，你当远隐，俟时行化。惠能问：“当往哪里隐藏起来？”五祖说：“逢怀即止，遇会且藏。”惠能即星夜南逃。从此，五祖不复上堂。众僧问及，五祖才说：“吾道行矣！”众问：“法衣谁得？”答：“能者得。”众人想起寺中有个卢行者名能，到处找他不见，才知他得受衣钵，业已离去。
惠能携了五祖所传衣钵，逃回岭南，隐于怀集、四会之间；为防神秀手下的人追寻暗害，在猎队中混迹十六年，唐高宗仪凤元年（676），才到达广州法性寺（光孝寺）听印宗法师讲《涅槃经》。惠能寄寓寺内廊庑间，暮夜，风飏寺幡，他听见两个僧人在争论。一个说，那是幡动；一个说，不对，那是风动，谁也说服不了谁。惠能忍不住走过来插嘴道：“我看既不是幡动，也不是风动，只是你们心动罢了。”这话恰被印宗法师听到，他大感惊异。第二天，印宗邀惠能入室，再询风幡之义，惠能以理告，印宗不觉起立道：“行者定非常人，师是谁人？”惠能于是直叙得法因由。印宗乃执弟子礼，请授禅要，并请出所传信衣，令众僧瞻礼。是年，2月8日，在寺内菩提树下剃发受戒。从此公开正式成为南宗领袖。他的头发被埋于该寺地下，上盖一塔，即瘗发塔。
惠能在光孝寺讲佛一年多，便离开他落发之地，到韶关南华寺去。今光孝寺内六祖堂，是宋朝人为纪念六祖而建的。睡佛阁亦称风幡堂，是为纪念惠能的“风幡论辩”而建。
