2006年，广州市都市型现代农业持续发展。农业生产克服洪涝灾害和动植物疫病影响，实现较快增长。全市农业总产值达248.77亿元，比上年增长6.2%，其中花卉、渔业、农林牧渔服务业等优势主导产业增幅达两位数。农业综合生产能力得到进一步增强，农业现代化水平进一步提高，根据《广东省2010年珠江三角洲基本实现农业现代化的评价指标体系》的11项指标进行评估，广州市基本实现农业现代化达标率达88%。
农田、鱼塘标准化改造步伐进一步加快。广州市农业局投入专项资金2.1亿元，完成0.6万公顷农田和鱼塘的标准化改造，为历年最多。加上广州市水利局和各有关区、县级市完成的部分，全市完成6.4万公顷农田和0.37万公顷鱼塘的标准化改造，农业生产条件明显改善，农田土地利用率和抗御自然风险的能力普遍提高，鱼塘的产量、产值、利润大幅提高。同时，市级投入近500万元实施“沃土工程”，对16个镇4万多公顷耕地取土化验，提出水稻、蔬菜、水果等主要农作物的测土施肥配方，提供给生产企业和农户作参考。
农业生产基地建设进一步加强。市级以20个都市农业示范区为核心，加快推进10个蔬菜基地及20个专业村、8个水果基地及15个专业村、5个花卉示范区及10个区域性产业基地、10个渔业基地，以及一批畜牧小区或畜牧场的建设。继续搞好8个蔬菜专业村的选点和菜田基本建设，启动正果镇有机蔬菜种植基地建设。加快推进从化城郊333.33公顷鲜切花标准化示范基地和花都赤坭0.25万公顷花卉园艺基地建设。抓好北部山区和经济相对落后地区的水果基地建设。引导畜牧生产企业到中、远郊地区选址扩建，促进畜牧生产布局转移和生产基地升级，向规模化、集约化、产业化、生态化的方向发展。继续抓好水产养殖“三大板块”建设，重点实施番禺区海鸥岛鱼塘标准化整治示范区的规划建设，并着力构建彩鲷、笋壳鱼、娃娃鱼、杂交鲟等特色、珍稀品种养殖基地，提高产品质量和价值。
农业产业化持续发展。是年新培育18家龙头企业，全市市级农业龙头企业达68家，带动农户27万户，占全市从事农林牧渔业生产户总数的55%。全市有农业企业和规模以上农场2488家，生产总值85.4亿元，占农业总产值的35%。同时，扶持农民专业合作经济组织建设，提高农民的组织化程度。全市有比较规范的农民专业合作经济组织54个，成员6987人，带动农户6万多户，基本覆盖蔬菜、畜禽、岭南果业、花卉、渔业等特色优势产业。
科技兴农成效明显。加快构建农业科技成果库、实用技术库、专家库和人才库，稳步推进农业科技成果推广平台的建设。开展农业科技进村入户工作，大力推进农民专业技能培训，加快农业技术推广应用，培养专业化、高技能的农村实用人才。是年全市农业科技成果转化率、科技贡献率、良种覆盖率分别达到72％、53％和90％，重点推广的良种和技术普及率达90%以上。同时，落实国家购机补贴政策，投入专项资金近千万元扶持农业机械化事业发展，鼓励农民和农业经营企业购买各类适用先进农机具，推广农业机械化新技术，提高农机装备和应用水平。全市农村劳动力平均拥有农业机械总动力达3.2千瓦。
农产品市场体系进一步健全。加快广州花博园、嘉禾生猪、江南蔬菜、黄沙水产四大农产品中心批发市场的升级改造，全年交易总额达251亿元，比上年增长12.23%。推进白云区家禽中心批发市场建设。至年末全市交易面积5000平方米以上的批发市场有70多个，形成中心批发市场、产地批发市场、农贸市场和超市协调发展的农产品流通体系，蔬菜、水产品、观赏植物、生猪的交易价格已成为全国性的指示价格。
农业经贸合作力度进一步加大。先后成功举办第四届广州名优农产品专展、第二次穗台农业经贸合作交流会、第四届亚洲杯插花花艺大赛、首届中国（广州）国际果蔬交易会和第三届中国盆栽花卉交易会等，宣传推介广州农业，提高本地名优农产品的知名度，促进国内外同行的交流与合作。同时，还组织有关单位参加各种国际性、全国性农业经贸交流活动。
强化农产品质量安全监督管理。建成市级以上农业标准化示范区26个，制定170多项农业地方标准，涵盖种子、饲料、蔬菜、花卉、水果、畜禽、水产等种养业，农业龙头企业和重点产业基地普及标准化生产。
强化动植物疫病防控。继续抓好高致病性禽流感等重大动物疫病春秋两季监测和防控，制定重大动物疫病防控督查工作方案和突发重大动物疫情应急演练方案。建立健全防控重大动物疫病长效机制，确保落实重大动物疫病全面免疫、检疫监督、疫情报告和突发疫情应急等防控措施，至年末广州市未发生高致病性禽流感、猪高热病和其他动物疫病的重大疫情。同时，落实植物疫病的防控和病虫草害的防治措施，有效控制“四大疫情”，挽回各类作物损失7.8亿元。
整顿和规范农业生产和农资市场秩序。持续开展打击生猪违法使用“瘦肉精”执法行动，建立生猪产品市场准入制度，确保肉食品质量安全和市民身体健康。在春耕和夏种季节，加大对重点市场、重点区域、重点品种和大要案的查处力度，开展农资打假专项治理行动，共查处假劣农药48吨及其他假冒伪劣农资一批，维护农民群众的合法权益。举办“放心农资下乡进村”系列活动，组织36家农资生产、经营企业参加，向农民赠送优质化肥、农药、种子共35吨，提高农民群众的维权意识和辨别真假农资的能力。同时，加大渔政海监执法管理力度，组织渔业执法行动496次，查处渔船违规案件1340件、违规养殖或经营案件31件、非法经营利用水生野生动物案件25件、海洋违法案件17件，清理违规作业网具一批，规范海洋与渔业生产环境秩序。
加强农业（海洋）资源和环境管理。继续实施伏季休渔制度，对全市200多艘渔船、1200多名渔民实施休渔。举办渔业资源增殖放流活动，在市区珠江河段投放包括中华鲟、四大家鱼等多个品种超过200万尾鱼苗，全市水域共放流鱼苗3500万尾。推进花都桃花水母、从化唐鱼、增江水生态等自然保护区规划建设，加快水生野生动物保护基地建设。推进实施海域使用权证和海域有偿使用制度。组织编制《广州市海洋环境保护规划》和《广州南沙海洋生态保护与建设规划》；启动海域使用动态监视监测管理系统项目建设，发布《广州海洋环境质量公报》；扩大红树林区规模和种群数量，保护海洋生态环境。
全面开展社会主义新农村建设。是年，广州市各级各部门按照“工业反哺农业，城市支持农村”的要求，加大统筹城乡发展力度，各项工作向农村延伸覆盖，全面开展社会主义新农村建设并取得一定的成效。农村环境面貌得到改善。
