广州开发区由广州经济技术开发区、广州高新技术产业开发区、广州出口加工区、广州保税区四个国家级经济功能区组成，实行“四区合一”的管理模式。2005年4月28日，经国务院批准，以广州开发区为依托成立广州市萝岗区，区域面积扩展为393.22平方公里。同年6月13日，国家发改委发布公告，广州高新技术产业开发区由广州科学城、天河科技园（软件园）、黄花岗科技园、民营科技园和南沙资讯科技园组成，面积37.34平方公里。除广州科学城在萝岗区外，其他园区分别分布在广州市天河、越秀、白云和南沙区，实行以属地管理为主、广州开发区管委会管理为辅的双重管理体制。
    2006年，广州开发区经济保持快速增长势头。全区完成工业生产总值2003.87元，比上年增长24.7%；实现地区生产总值789.44亿元，增长20.11%；完成进出口总值157.93亿美元，增长8.30%；实现财税收入188.38亿元，增长20.17%；实现工业利润179.92亿元，增长18.25%。大量优质项目带动投入产出比率不断增加，全区每平方公里出让土地实现财税收入、地区生产总值和工业总产值分别超过7.26亿元、30亿元、77亿元。综合能耗和污染物排放持续减少，单位GDP能耗比上年下降4%，二氧化硫排放总量下降5.3%，化学需氧量排放总量下降6.2%。2004~2006年，广州开发区地区生产总值和财政收入连续3年在全国54个国家级开发区中名列首位。