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主要职能:
（一）贯彻执行国家有关审计工作的方针政策；研究拟订我市审计监督的地方性法规和审计规章，制定审计工作规范办法和工作制度。
（二）向市政府提交市本级预算执行情况的审计结果报告；受市政府委托向市人大常委会提出市本级预算执行情况和其他财政收支审计工作报告。
（三）直接进行下列审计：
1.市本级预算执行情况和其他财政收支。
2.区、县级市政府预算的执行情况和决算及预算外资金。市各类经济开发区、保税区、出口加工区管理机构预算的执行情况和决算及预算外资金。
3.市政府各部门和接受市财政拨款单位的财政、财务收支及其资金使用效益。
4.市属银行和非银行金融机构的财务收支及信贷计划、社会集资和债券发行的执行情况。
5.市属资产经营公司、授权经营企业集团和国有企业资产、负债、损益；市属国有资产控股或占主导地位的中外合资企业、合作企业、股份制企业、境外企业中的国有资产部分的盈亏的国有资产保值增值。
6.市级国家重点建设项目的资金来源、预算执行和竣工决算；市财政预算内投资及专项投资的大中型项目的竣工决算。
7.市政府部门管理和受市政府委托由社会团体管理的社会保障基金和其他社会公共资金。
8.接受上级审计部门授权或委托审计国家、省驻穗单位和中央、省直属企事业单位的财务收支，以及国际组织、国际金融机构和外国政府贷款、援助、赠款项目和项目执行单位的财务收支。
9.对党政领导干部和国有企业及国有控股企业领导人员的任期经济责任审计。
10.区、县级市的重大审计事项；各类经济开发区、保税区、出口加工区的重大审计事项。
11.其他法律、法规规定应由市审计局进行审计的事项。
（四）组织实施对贯彻执行国家财经方针政策和宏观调控措施实施情况的行业审计、专项审计和审计调查。
（五）向市政府、省审计厅报告或向市有关部门通报审计情况，提出制定和完善有关政策法规的建议。
（六）指导和监督全市内部审计工作；监督社会审计组织的审计业务质量。
（七）依法受理被审计单位的复议申请。
（八）与区、县级市政府共同领导该区、县级市审计机关审计业务；协助对区、县级市审计机关领导班子的管理及其负责人的任免。与市各类经济开发区、保税区、出口加工区管理机构共同领导其所属审计机关审计业务；协助对其审计机关领导班子的管理及负责人的任免。
（九）承办市政府及上级审计部门交办的其他事项。

科室设置:
（一）办公室 
（二）政策法规处 
（三）经济责任审计管理处 
（四）财政金融审计处
（五）行政事业审计处 
（六）经济贸易审计处 
（七）固定资产投资审计处
（八）外资运用审计处 
（九）人事处（监察室、机关党委办公室与其合署办公）