据明朝万历年间的《金华府记》载：黄大仙原名黄初平，是浙江金华兰溪人，东晋年间（公元328年）出生于一个贫困的家庭。他8岁牧羊于浙江金华赤松山上；15岁上山牧羊时遇道土善卜。善卜见初平有异相，就带他到金华赤松山修炼了40年，最后得道成仙。因此，黄大仙以“赤松子”为别号。后来，其兄黄初起去寻找他。兄弟相见，初起问：“羊在哪？”初平大声地叱之：“羊起!”满山坡的白石立刻变成了羊。广州黄大仙祠大门对联“叱羊传晋代，骑鹤到南天”．记载了黄大仙成仙的传奇故事。而现在复建的这座庙祠中，黄大仙殿门前所挂的也同样是这么一副对联。
道教是多神教，在众多的神当中，黄大仙是相当出名的。当年黄大仙云游四海，治病救人，济世扶危，留下了许许多多的仙道，其功德家喻户晓，受到广大民众的拥戴，纷纷立祠来尊奉他。
广州黄大仙祠始建于清朝已亥年，即公元1899年，并于1904年得各界热心人士捐款重修。当年这里地虽偏僻，但曾是广州的宗教圣地之一，其香火鼎盛，对广州市区及珠江三角洲一带有极大的影响。该祠虽于1910年遭受破坏，但旧祠所留下来的遗迹，如石刻对联、浮雕石柱、扁额、门饰、石狮等，都饰以精致的雕刻，由此可以想见当年祠殿的宏伟规模和精致的建筑艺术。
1915年，原黄大仙祠的主持人梁仁庵道长携带黄大仙的画像、灵签和药签等南迁到香港，并于1921年建成香港黄大仙祠。同样地，黄大仙也深受海内外人士的信仰和祀奉。改革开放以来，海内外广大热心人士纷纷要求在原地恢复建造芳村黄大仙祠。后经有关部门批准，由(香港)加拿大置地有限公司和芳村新荔枝湾实业发展有限公司合作，组成广州嘉游旅游景区开发有限公司，负责黄大仙祠的复建项目。经过2年的策划和设计，于1997年11月破土动工，1999年2月6日完成第一期工程，供各界人士参观游览。
复建后的黄大仙祠坐落在芳村区的古祠路1号，离芳村和花地湾地铁站很近。全祠总占地面积约1.3万平方米，呈长方形，有一个南大门和东侧门供游人出入。
黄大仙祠是一个集传统风俗、文化、艺术和旅游为一体的旅游寺庙景观。全祠现设有：正中高耸在台基上面的黄大仙主殿；进门左侧的关帝庙、斗姥庙；进门右侧的财神殿、孔圣殿；主殿左侧的吕祖殿、功德堂；主殿右侧的观音殿；以及东、西添福、添寿长廊各1条。总体设计上采用升高主建筑的方式，使大殿的外观更显宏伟。这座宗教名胜再次扬名于世，既为广州市增添了一个旅游新景观，又为善信提供了一个祈福布施和祀奉祖先的地方，还能使原黄大仙祠的文物得以保存，这里的的确确是一个值得参观游览的好地方。
黄大仙祠左右两只狮子是该祠清代的遗物，从中可体察到黄大仙祠历史上所经历过的许多沧桑。
经过添福和添寿两道走廊，沿着石阶，拾级而上，可以看到高大巍峨的“赤松黄大仙殿”。该殿高18米，为内部架空无柱建筑，是目前广州市庙宇中最高的架空大殿之一。大殿内的黄大仙神像为青铜铸造，高3.2米，直径2.5米，重为3吨。民间传说中的黄大仙乐于助人，有求必应，普济劝善，故极受人民群众的欢迎和爱戴。大殿两边的对联是“叱羊传晋代，骑鹤到南天。”
大殿的西面是吕祖殿，大殿东面则是观音殿。观音神像高2.1米，重2吨，是由整块汉白玉雕刻而成的。中国自古以来形成的释、道、儒三教合一，这在寺庙中更能体现出来。吕祖殿和观音殿均为2层建筑。
关帝庙和斗姥殿在西侧。关帝即关云长，名羽，是山西解良人，生于公元160年。三国时他与刘备、张飞桃园三结义。而后过五关斩六将，立下赫赫战功。由于关羽忠义两全，历来受到上至朝廷、下至百姓以及三教信徒的崇敬。佛教立为伽蓝神，懦教称其武圣人，道教则尊奉为关圣帝君。每年农历五月三十日是道教中的关圣帝君诞日。
斗姥又称斗母、斗姆，是北斗众星之母。她相貌奇特，面现慈容。传说她有九个儿子，除玉皇大帝、紫微北极大帝外，其余七个是北斗七星。由于她统领着这么多的神，所以每年凡犯了太岁的人，拜了斗姥以后都能化解罪孽。
财神殿和孔圣殿在东侧。赵公明是商周时代人。得道成仙后，玉皇大帝封他为财神，掌管天下财事。财神在众多的神当中是最受民众欢迎的。民间习俗，每年正月初五是接财神日。
孔子被推崇为圣人，生活于公元前551至公元前479年，距今已有2500多年的历史。孔子是鲁国人，春秋末期著名的思想家、政治家、教育家，是儒家学派的创始人。他有弟子三千，著名的有七十二人。以至儒家学说成为中国2000多年封建教育的基础，孔子被上至帝王、下至百姓尊奉为教育的始祖、万世师表。
该祠还有另外两件珍品：一是黄大仙主殿、观音殿及吕祖殿的牌匾是广州市文化局捐赠的，全由南越国御花园遗址出土的秦代古船台枕木（古松木）制成。俗语说“千年松，万年柏”，黄大仙词的牌匾古木藏在地下五米深的地方已有2200多年，木板重500公斤，保存十分完整。被鉴定是现今世上保存最久的的古木之一，是十分珍贵的历史文物。另一件是种在东、西两花园的增城挂绿园原荔枝树折枝种植的两颗小荔枝树。这两株增城挂绿荔枝是政府有关部门批准赠予的名贵树木，现已长成1米多高。
